جانشين فرماندهي كل قوا در نيروي انتظامي همچنين اين نيرو را از «دخالت در اموري كه بر عهده ناجا نيست، اين نيرو را از جايگاه يك نيروي حافظ متعلق به كل جامعه به جايگاهي مي‌كشاند كه شائبه نفوذ نگرش‌هاي خاص در رفتارهاي آن... را به وجود مي‌آورد.»
اين تذكر علني وزير كشور در گذشته نيز به شكل ديگري خطاب به فرمانده نيروي انتظامي اعلام شده بود.
در جريان پرونده موسوم به سايت‌هاي اينترنتي كه متهمان آن موارد متعددي از رفتارهاي خلاف قانون را پس از آزادي در جلسات خود با رئيس قوه قضائيه، هيأت نظارت و پيگيري بر حسن اجراي قانون اساسي و كميسيون حقوق بشر اسلامي مطرح كرده بودند و گزارش اين رسيدگي‌ها در اختيار هيأت دولت قرار گرفته بود، وزير كشور طي ابلاغيه‌اي به «محمد باقر قاليباف» فرمانده نيروي انتظامي خواستار پيگيري اين گزارش از سوي وي شده بود، اين تذكر اوليه وزير كشور بدين خاطر بود كه در گزارش هيأت پيگيري و نظارت بر حسن اجراي قانون اساسي، ذكر شده بود كه برخي از مأموران ناجا و اداره اماكن در جريان پرونده متهمان پرونده سايت‌هاي اينترنتي به عنوان ضابط قضايي بوده‌اند و موسوي لاري در ابلاغيه خود به فرمانده ناجا خواستار آن شد كه مرتكبان و خاطيان در بازداشت‌هاي اخير فعالان سايت‌هاي اينترنتي و برخورد با آنان، به اشد مجازات مقرر قانوني و انضباطي محكوم شوند.
از نكات قابل توجه ديگر، ابلاغيه دي ماه وزير كشور به ناجا، تعطيلي بازداشتگاه خلاف قانون اين نيرو بود كه خواستار بررسي و گزارش فرمانده ناجا در اين خصوص شده بود.
پس از اين ابلاغيه، فرماندهي نيروي انتظامي در جلسه‌اي با دعوت از چند تن از متهمان اين پرونده خواستار در جريان قرار گرفتن مسائل و ماجراهاي اين افراد شد كه پيگيري‌هاي لازم را در اين خصوص به انجام برساند.
در آن ديدار فرمانده نيروي انتظامي با قبول اين نكته كه اداره اماكن ناجا در اين پرونده نقش داشته و مأموران آن اداره به عنوان ضابط قضايي در بخشي از قضيه سهيم بوده‌اند، گفته بود كه از يك زمان دستور داده بود كه ديگر اين اداره در اين پرونده دخالت نكند با اين حال اذعان داشت كه محل نگهداري وبلاگ‌نويسان، بازداشتگاهي تحت نظارت ناجا بوده است.
از ميان گفته‌هاي وبلاگ‌نويسان آزاد شده اين پرونده نيز آنچه قابل برداشت است، وجود اين مسأله است كه اكثريت قريب به اتفاق آنها يا در اداره اماكن بازداشت شده‌اند و يا به وسيله مأمورين اين اداره بازداشت شده بودند.
مجموعه تحولات در اين پرونده سرانجام هيأتي را براي بررسي در قوه قضائيه تشكيل داد كه رئيس قوه قضائيه هفته گذشته اعلام كردند كه نتايج بررسي‌هاي دو ماهه اين هيأت تا چند روز ديگر ارائه و منتشر خواهد شد.
اما روز گذشته فرمانده اداره اماكن ناجا در گفت‌وگو با خبرگزاري فارس، با اشاره به اين كه متهمان پرونده سايت‌هاي اينترنتي در بازداشتگاه‌هاي اين اداره نبوده‌اند، تذكر وزير كشور را تلويحاً رد كرده بود و گفته بود: «مطالبي كه مطرح شده مربوط به اداره اماكن نيست، زيرا ماهيت كار اماكن صنفي و مربوط به كل اصناف و اماكن عمومي سراسر كشور است و موضوعي كه شما اشاره كرديد ربطي به مجموعه اماكن عمومي نداشته است.»
وي گفته بود: «وبلا‌گ‌نويسان هيچ وقت در اينجا نبودند. اينجا اماكن عمومي است و شما مي‌توانيد سرتاسر ساختمان را بگرديد تا ببينيد كه ما بيشتر كار صنفي انجام مي‌دهيم تا آنچه كه مورد نظر شما است.»
البته اين اظهارات با مطالبي كه فرمانده نيروي انتظامي در ديدارش با متهمان اين پرونده گفته بود، تفاوت فاحشي دارد.